一、发展历程
　　在我国，医院管理信息系统的应用，开始于20世纪80年代末期，大体上经历了三个发展阶段。整个过程是与我国的整体信息化建设步伐相吻合的。
　　第一阶段------纠偏阶段，20世纪80年代末，随着计算机在各行业的普遍应用，我国医院中的一批先驱，开始了将计算机技术应用于医院的尝试，以单扳机为主的收费机、划价机开始应用于一些医院的收费处和药房。其目的是减少收费过程和划价过程中的人为差错，避免这些过程中的舞弊行为。其后基于DOS的网络版收费划价系统逐渐面市。
第二阶段--管理阶段，20世纪90 年代中期，随着计算机网络技术的发展和计算机硬件性价比的不断提升，使计算机全面应用于医院管理的各个环节成为可能。在这一阶段中，卫生部专门立项开发医院管理信息系统，同时，各种版本的基于DOS和WINDOWS的网络版HIS和MIS如雨后春笋般层出不穷。国外的一些管理系统也开始进入中国市场。这些管理信息系统基本涵盖了医院管理的各个方面，实现了医院的财务管理、药品管理、设备管理、物资管理、医政管理的计算机化。部分解决了医院管理中存在的核算问题和患者就医中存在的"三长一短"问题。应用中减少了差错，阻塞了漏洞，杜绝了物品、药品的丢失，节省了人力，提高了医院的财、物管理水平，增加了经济效益，改善了患者的就医环境，方便了患者就医和查询，提高了医院的服务效率和服务质量。但就软件开发的水平看，严重存在着良莠不齐的现象，有些软件几乎是医院手工操作的翻版甚至仅仅是一个医院管理的报表系统。致使有些医院尽管应用了计算机，却并没有提高任何工作效率，而浪费了资金和人力资源。同时在信息化建设中的标准化也问题严重。为此，卫生部设立了专门管理机构-- 卫生部信息化领导小组。并制定了《 医院管理信息系统评审规范 》来管理和引导医院软件的开发行为。
第三阶段--数字化阶段，2000年后随着通讯技术和光纤技术的发展，以及存储容量的提高，使影像信息的传输和储存变得越来越方便，这就给真正意义上的电子病案的形成提供了契机。同时，指纹识别、数字签名技术的发展也给病案保存与传输的和法性提供了保证。在这一阶段，PACS（医学影像存储与传输系统）和LIS（临床试验信息系统）系统开始嵌入HIS，使HIS在功能上的全面提升成为可能。全面提升医院管理的前提是设立医生工作站，从而使HIS的数据采集实现在医患交流的过程之中，这样才能全面改善医疗过程，彻底解决"三长一短"问题，满足医保和医疗制度改革的各种需要，实现患者跨医院、跨区域就医。在另一个层面，也将实现医院办公的无纸化和诊断的无胶片化。
为什么我国的医院管理信息系统建设会经历这样的三个阶段呢？大致有三个方面的原因。其一，如上文所述是IT技术发展上的原因；其二，是投入上的原因，象一个家庭一样，我们在投入资金用于购买PC时也大体经历了386到486到586等三个阶段，而在这三个阶段上我们每次更新电脑大致需要投入人民币10000元，而医院在信息化建设上的投入大约是其年收入的1%~3%，让一个医院一步到位的进行投入往往是不现实的；其三，是环境上的原因，在激烈竞争的医疗市场中，医院面临着来自患者、同业、社保和上级主管部门的各种要求，医院会将其有限的资金投入到实现最急的需求上。综上，上文的三个阶段便顺理成章了。
二、存在问题
　　目前，我国医院管理信息系统建设中存在的主要问题是，
　一、 临建问题，即临时为了满足某种需求而临时投入一些计算机设备和软件的行为，比如有关部门要求财务电算化就上财务管理系统，有关部门要求设备报表就上设备管理系统，有关部门要求为患者提供费用明细就上每日清单系统......这样每每有要求就临时抱佛脚，即使每次的投入并不大，但每次都是纯浪费！这样的问题已成了各地医院管理信息系统建设中较为普遍的一种现象，并造成了或正在造成着巨大的浪费。由于这样的临时行为一般不会是专业商家所为，所以，从软件的开发上很难做到通盘考虑，医院投入计算机及其软件后既不会提高工作效率，也不会节省人力，往往是还要以增加人力、降低效率的代价来专门进行数据的录入。显然这不仅仅浪费了资金而且浪费了人力资源。这样的浪费往往发生在那些效益较差的医院，对他们来讲这无异于雪上加霜使其状况更加恶化。如果这种现象不引起重视，后果是严重的。
　二、 标准化问题，目前，我国医院管理信息系统软件开发商数量之众令人叹为观止，除通过卫生部评审的七家外，各地较知名的还有不下百余家，再有一些虽不是很专业但也已做过医院工程的就更多了。这样多的软件应用于各个医院，不处理好标准化问题要做到院际间的数据交换，或者实现医院数据的汇总分析将是不可能的，更是不幸的。恰恰是这方面我们存在的问题最多。首先，药品、物资、设备的编码是必须形成标准的，否则，配伍禁忌软件的开发便成了空中孤燕，很难有明确的开发方向，很难有科学依据，很难有安全保证，更难有推广价值；另一方面，设备、物资的数据院际之间也会因缺乏一致性而失去统计上的价值。同时，病人的基本信息的标准化、疾病分类的标准化、医嘱用语的标准化、病案的标准化等等。。。。。。都是需要认真对待的。可以说，标准化是医保制度顺利实施的前提，是实现院内、院际数据共享的基础。这方面的工作做好了，才有可能使医院管理信息系统建设的成果最大化，才有可能使医院管理信息系统更好的为我国医疗体制改革出力。
　三、 管理理念匮乏问题，医院管理信息系统的应用应当改善和提高医院的管理水平，然而由于管理理念的匮乏，使得目前应用的一些系统仅仅是原来医院手工操作模式的翻版。是在重复旧体制下形成的旧模式。有些甚至比手工操作的效率更低。这当然不能适应我国医疗体制改革的需要。弄不好还会障碍我们的体制改革，拖改革的后腿。我国医院管理上存在的问题主要是管理层次过多管理幅度过小，这就导致了医院的机构臃肿人浮于事，病人进了医院便周旋于这些管理层次之间，往返于机构之间。三长一短就这样形成了。正是计算机的应用为医院管理的扁平化提供了手段，为此，医院管理信息系统的建设，应在结合医院已经形成的严谨的成熟的管理经验的基础上，融入新的管理理念，以为医患服务为宗旨，进行全新的设计，用先进的手段实现科学的管理。这就要求在软件设计时既要考虑我国医院在不同阶段上的不同需求，又要考虑最终实现先进、高效、科学管理的目标。即在进行应用程序和数据库设计时要留有充分的升级和扩展空间。
　四、 院商配合问题，既然医院管理信息系统解决的是管理问题，就势必涉及医院管理的各个环节和各个层面，势必使管理工作和信息流向在不同程度上发生变化。因此，管理信息系统的应用或多或少的改变着医院的各类员工和管理者的工作习惯。这就发生了新模式与传统势力的冲突，形成了严格的精确的数量管理对粗放的情感管理的挑战，甚至在某种程度上导致了权利的重新分配的矛盾。所以说医院管理信息系统的建设，是医院为提高医院的管理工作水平改善信息类资源的使用状况而进行一?quot;革命"，软件开发商与系统集成商是为这场革命提供武器的军火商。这场"革命"的成败取决于院商配合的好坏。当然，建设医院管理信息系统远不象供给和购买武器那么简单。医院管理信息系统软件的开发像引发了第一次工业革命的蒸汽机的发明一样，在这场革命中起着关键的决定性作用。它应当将先进的管理理念导入系统之中，引导着医院进行有效的变革，软件开发的好坏会直接影响或最终影响系统建设的质量。另一方面，医院本身的在这场革命中也起着相当重大的作用，由于这场变革中医院内部存在着 "冲突"、"挑战"甚至"矛盾"，所以，假如没有院方的强有力的配合，那么我们的医院管理信息系统建设中，发生像"第一次工业革命中劳动者毁坏机器"一样的悲剧是不希奇的。有些软件开发商正是陷入医院传统势力的泥潭中而无法自拔。综上，医院管理信息系统建设是一个医院与软、硬件供应商通力合作的一个系统工程，在这个过程中双方应明确各自应承担的义务和享有的权利，规定建设实施各阶段的工作任务和验收标准，确保实施过程中双方配合的高质量。这个质量几乎与软件质量同等重要。